На базе хирургического отделения №2 проводятся:
- лечение тяжелых ожогов пищевода, в том числе проведение пластических и реконструктивных операций;
- реконструктивные операции на дыхательных путях, в том числе при пороках развития и стенозах;
- реконструктивные операции на трахее, бронхах и крупных сосудах средостения;
- торакоскопические операции у пациентов с врожденными пороками легких и последствиями тяжелых инфекционных заболеваний;
- торакоскопические операции при патологии аорты и ее ветвей;
- оперативные вмешательства на диафрагме при различных видах диафрагмальных грыж;
- удаление кистозных образований шеи и средостения;
- оперативные вмешательства по удалению лимфангиом;
- иссечение боковых и срединных свищей шеи;
- лапароскопические операции;
- эндопросветные вмешательства.

Оснащение всем необходимым самым современным оборудованием позволяет проводить сложнейшие оперативные вмешательства малоинвазивным и эндоскопическим способами и обеспечивать сокращение сроков госпитализации.

Мультидисциплинарный подход к лечению пациента обеспечивает проведение консультаций врачей других специальностей: челюстно-лицевого хирурга, ЛОР-врача, кардиохирурга, инфекциониста, гастроэнтеролога, пульмонолога, кардиолога, невролога, что позволяет выполнять оперативные вмешательства у детей с комбинированной, сочетанной патологией и множественными врожденными пороками развития.

В отделении хирургии №2 и во всем Центре имеются все специалисты для того, чтобы сформировать такие уникальные центры, как центр кардиоторакальной хирургии и центр хирургии шеи. Эти центры позволят оказывать помощь пациентам как с сочетанной патологией, так и пациентам с неопределенным типом и локализацией процесса.

В отделении и в Центре возможно проведение всех необходимых методов обследования – в отделении оборудован кабинет эндоскопии, УЗ-диагностики, а в Центре выполняются компьютерная томография, МРТ, ангиография экспертного уровня.

Операционная оборудована по самым современным стандартам и приспособлена для выполнения хирургических вмешательств наивысшей категории сложности. Наличие в центре аппаратов экстракорпоральной мембранной оксигенации позволяет оказывать помощь пациентам с тяжелым поражением дыхательных путей и легких, а также новорожденным пациентам с тяжелыми формами диафрагмальной грыжи.

В послеоперационном периоде дети находятся под наблюдением специалистов отделения с возможностью мониторинга всех показателей метаболизма и выполнения всех диагностических процедур. В Центре возможно проведение курсов послеоперационной реабилитации с применением современных алгоритмов и технологий.